Jenderal Soedirman sempat dituduh terlibat dalam upaya kudeta karena peristiwa 3 Juli 1946, di mana orang-orang yang mendatangi Presiden Soekarno untuk menuntut pembubaran Kabinet Sjahrir berasal dari kelompok yang dekat dengan Soedirman, yaitu Persatoean Perdjoeangan. Hal ini membuatnya dianggap setidaknya mengetahui atau bahkan merestui tindakan tersebut.

Mayor Jenderal Soedarsono juga menyatakan bahwa perintah untuk menemui Soekarno berasal dari Soedirman. Kesaksian ini diperkuat oleh Prof. Mr. Iwa Kusuma Sumantri dalam otobiografinya. Meski begitu, Soedirman akhirnya tidak dijerat secara hukum, dan dia tetap dihormati sebagai tokoh yang menjaga persatuan antara tentara dan pemerintah di tengah situasi politik yang rumit.