Pedagang Arab, Persia, dan Gujarat tentu saja membawa agama Islam ke tanah Nusantara sekitar 7–8 Masehi. Di sisi lain, missionaris Portugis membawa agama Kristen ke timur Nusantara sekitar abad ke-15, terutama di Maluku. Namun, orang-orang di bagian selatan Maluku lebih suka Kristen daripada orang di bagian utara, yang saat itu dimiliki oleh Kesultanan Ternate dan Tidore. Fransiscus Xaverius adalah missionaris yang dikenal oleh umat Kristen Indonesia (namanya sering digunakan sebagai nama baptis).