Perairan Nusantara merupakan wilayah perairan yang terletak pada sisi dalam dari garis pangkal laut, teluk, dan selat yang menghubungkan antar pulau yang satu dengan pulau yang lain di Indonesia. Termasuk didalamnya danau, sungai maupun rawa yang terdapat di daratan.

Jadi yang bukan termasuk perairan Nusantara adalah laut teritorial. Karena laut teritorial adalah perairan yang menghubungkan Indonesia dengan negara lain.