Secara fisiografi, wilayah laut Indonesia dibagi menjadi tiga, yaitu wilayah Paparan/Dangkalan Sunda terletak di bagian barat Indonesia, Paparan/Dangkalan Sahul di bagian timur Indonesia, dan wilayah transisi yang terletak di bagian tengah Indonesia. Jika dilihat dari asalnya, lautan di wilayah Paparan Sunda dan Paparan Sahul terbentuk karena penenggelaman daratan saat zaman es mencair dan membentuk laut trangresi. Sementara itu, zona transisi atau Indonesia bagian tengah terbentuk karena tenaga endogen berupa pengangkatan daratan dari dalam perut bumi serta terjadinya penurunan kerak samudra. Akibatnya, terbentuklah lautan yang dalam serta palung dan cekungan di wilayah Indonesia tengah