Jika dibandingkan sebaran potensi ikannya, terlihat ada perbedaan secara umum antara wilayah Indonesia bagian barat dan timur. Di Indonesia bagian barat rata-rata kedalaman laut 75 meter, jenis ikan yang banyak ditemukan adalah ikan pelagis kecil. Di kawasan Indonesia bagian timur rata-rata kedalaman laut 4.000 meter, jenis ikan yang banyak ditemukan ikan pelagis besar seperti cakalang dan tuna. Selain ikan di lautan, penduduk Indonesia melakukan budi daya ikan di daerah pesisir. Di pantai utara Pulau Jawa, banyak masyarakat mengembangkan usaha budi daya ikan dengan tambak. Jenis ikan yang dikembangbiakkan di tambak adalah ikan bandeng dan udang. Sedangkan di Indonesia bagian timur adalah ikan cakalang dan pelagis